Vanaf 1864 vonden de bijeenkomsten plaats in een bovenvertrek van het huis van de familie Boekbinder in Borger. Toen in 1885 het huis bij een grote dorpsbrand in vlammen opging, werd besloten een synagoge te bouwen in het dorp. Deze werd op 2 september 1887 ingewijd.

De joodse gemeenschap nam in de eerste helft van de negentiende eeuw gestaag toe in omvang, zo telde Borger in 1869 47 Joden. Wel behoorden de joden tot de laagste inkomensgroepen in het dorp en dat zal een belangrijke reden geweest dat eind negentiende eeuw veel joodse gezinnen naar grotere plaatsen als Emmen, Groningen en Assen trokken om daar een beter bestaan op te bouwen. Een uitzondering vormden twee leden van de familie Boekbinder die een goedlopende manufacturenzaak hadden. Maar omstreeks 1896 vertrokken ook zij naar Assen. Uiteindelijk bleken er te weinig mannen over om de synagogediensten te kunnen blijven houden. In 1905 was er nog een kleine opleving, maar begin twintiger jaren woonden er nog slechts zeventien joden in de gemeente Borger. In 1925 werd de gemeente opgeheven en samengevoegd met die van Assen. De synagoge was in 1915 al verkocht. Uiteindelijk zou deze in 1960 gesloopt worden.

In het begin van de Tweede Wereldoorlog woonden er zestien mensen van ‘geheel of gedeeltelijken joodschen bloede’ in Borger. Op 21 februari 1941 moesten zij zich allen laten registreren op het gemeentehuis. Eind september 1942 kregen ze een oproep om zich op 2 oktober 1942 te verzamelen in Borger, waarna ze naar kamp Westerbork werden gebracht. Alleen Simon Jonas Nijeveen, die niet vervoerd mocht worden omdat hij zwaar hartpatiënt was, en zijn dochter Rosa hoefden niet af te reizen. De woningen van de joden werden geïnventariseerd en verzegeld. Goederen als ingemaakte groenten en fruit werden op last van de burgemeester naar Nieuw-Buinen gebracht om daar te worden verdeeld onder het behoeftige deel van de bevolking. Simon Nijeveen en zijn dochter melden zich op 10 april 1943 alsnog en reisden op eigen gelegenheid naar Westerbork. Daarmee verdwenen de laatste joden uit Borger. Geen enkele van hen keerde na de oorlog terug. De meesten stierven in Auschwitz. Simon Jonas en Rosa Nijeveen stierven in Sobibor.

Wanneer de begraafplaats precies gesticht is, is (nog) onbekend. De begraafplaats bestond al in 1807 en is dus mogelijk vrij snel na de oprichting van de synagoge gesticht. Het perceel was in ieder geval tot 1832 eigendom van de Boermarke in Borger en is daarna waarschijnlijk aan de Joodse gemeenschap geschonken of verkocht. De begraafplaats is omgeven door een wal waarop oorspronkelijk een beukenhaag heeft gestaan. Deze haag is uitgegroeid tot een aantal indrukwekkende beuken. De begraafplaats is 470 m2 groot en telt negen stèles. Duidelijk zichtbaar zijn de contouren van meerdere graven, echter bevatten deze geen gedenkteken. Wellicht hebben die graven nooit een gedenkteken gehad of mogelijk enkel een houten stèle. Onbekend is of er een metaheerhuisje op de begraafplaats heeft gestaan.

Het oudste grafmonument is voor Mozes Boekbinder, geboren 20 december 1794 en overleden 25 mei 1865. Hij werd de volgende dag begraven. Op de voorzijde van zijn grafmonument staat een Hebreeuwse tekst, die in vertaling luidt: ‘Hier ligt een volmaakt en oprecht man, namelijk de heer Mozes, zoon van dhr Abraham. Gestorven Donderdag 29 Iyar en begraven op Vrijdag, de dag voor de Heilige Shabbat, de eerste dag van de maand Sivan 5625. TNTsBH ’. Rebekka Frank, echtgenote van Mozes Boekbinder ligt naast hem begraven. Zij overleed in december 1880. Beide stèles hebben een Hebreeuwse tekst op de voorzijde en een Nederlandse tekst op de achterzijde. De overige grafmonumenten hebben zowel een Hebreeuwse als een Nederlandse tekst aan de voorzijde. Alle grafmonumenten, op één na, worden gesierd met een treurboom. Het jongste grafmonument is voor Johanna Gottfriedt, overleden op 16 september 1934 en twee dagen later alhier begraven.

Sinds 1964 zorgt de gemeente Borger en later Borger-Odoorn voor het onderhoud van de begraafplaats.